Em maio de 1999, o Figueirense Futebol Clube foi o primeiro clube de Santa Catarina a acompanhar a mobilização nacional e mudar sua estrutura: extinguiu o regime presidencial, criando um conselho de gestão; profissionalizou as áreas administrativa e financeira do clube e contratou
profissionais remunerados para o departamento de futebol. O Dr. Marco Aurélio Cunha foi uma das pessoas mais importantes neste trabalho de restruturação e recuperação do clube.
Em junho de 1999, chegava ao estádio Orlando Scarpelli o administrador Marco Aurélio Cunha, homem de grandes idéias, experiente, talentoso e com uma trajetória profissional brilhante. Ele veio com a missão de ajudar o Figueirense Futebol Clube a se estruturar. Conhecido pela capacidade de superar desafios ele foi fundamental na transformação do Figueirense. O clube deu um grande passo rumo ao processo de profissionalização do futebol e o Dr. Marco Aurélio foi um dos principais nomes responsáveis pela elaboração do plano que profissionalizou 
vários setores da organização do clube. Ele ficou no Figueirense até o ano 2000.
QUEM É MARCO AURÉLIO CUNHA ?
Marco Aurélio Cunha, médico ortopedista há 25 anos, é hoje uma das mais importantes figuras no cenário esportivo brasileiro, com atuação extensa nas áreas médica e administrativa de grandes entidades do esporte nacional.
Iniciou seu trabalho dentro do esporte ao final da década de 70, como estagiário do departamento médico do São Paulo FC. Foi efetivado e seguiu carreira no clube, onde ficou até 1990. Teve a oportunidade, então, de conviver com grandes craques do futebol brasileiro, participando também da modernização da estrutura e da gestão do clube, que culminaria em excelentes resultados nos anos 90.
Seguindo sua carreira de médico dentro do futebol, foi para o Bragantino. Lá, trabalhou com Wanderley Luxemburgo, na época treinador de futebol iniciante, e conquistaram o Campeonato Paulista de 1990. No ano seguinte ao lado de Carlos Alberto Parreira, foi vice-campeão brasileiro.
Passou, em seguida, pelo Guarani, onde conviveu com uma equipe de garotos que futuramente se revelaram grandes estrelas do futebol brasileiro(Luizão Edílson, Amoroso).Em 1994, tornou-se consultor médico e de gestão da Parmalat no Brasil, colaborando na ascensão do Juventude para a Serie A do Campeonato Brasileiro.
Com o boom do mercado futebolístico no Japão, teve a oportunidade de por 2 anos atuar como consultor médico e esportivo em duas das melhores equipes do futebol asiático Kashiwa-Reysol e Verdy-Kawasaky.
De volta ao Brasil, em 1996, percebeu a falta de profissionalismos na gestão de clubes, e decidiu dedicar-se a esta área. Começou como Diretor de Futebol do Coritiba FC, e, devido ao sucesso do trabalho realizado, foi contratado pelo Santos FC para iniciar a profissionalização na gestão do clube. O trabalho culminou na melhoria da infra-estrutura do clube (CT e área médica), a volta às conquistas (Rio-São Paulo e Taça Conmebol) e o surgimento,mais tarde, de estrelas como Diego e Robinho.
Após 2 anos no Santos FC, foi contratado pelo Figueirense FC - à época clube da 3ª. divisão do futebol brasileiro - para fazer o mesmo trabalho. A profissionalização desse clube gerou em poucos anos o acesso à 1ª. divisão do futebol brasileiro, na qual permenceu até o ano de 2008.
Passou ainda 6 meses trabalhando como superintendente de futebol do Avaí, e em 2002 retornou ao São Paulo FC, dessa vez como dirigente de futebol. Lá, foi um dos responsáveis pelo choque de gestão que levou o São Paulo FC de volta à rotina de conquistas de expressão, como a Libertadores e o Mundial de 2005 e o Tricampeonato Brasileiro 2006-2007-2008.
Em 2008, convidado pelo Prefeito de São Paulo, Gilberto Kassab, filia-se ao DEM / SP, concorre nas eleições municipais paulistanas.
É eleito Vereador da cidade de São Paulo com 38.421 votos, sendo o 19º. candidato mais votado no geral, 4º. mais votado entre os “estreantes” no processo eleitoral, e 3º. mais votado do DEM / SP.
É Vice Presidente da Comissão de Educação, Cultura e Esportes da Câmara Municipal de São Paulo, e membro da Comissão de Estudos para Debates e Discussões sobre a Destinação do Estádio Municipal Paulo Machado de Carvalho (Pacaembu) e da CPI de Danos Ambientais.
Breve currículo:
· Médico do Departamento de Futebol do São Paulo FC de 1979 a 1990;
· Médico do Departamento de Futebol do Bragantino - Campeão Paulista de 1990 e Vice-campeão brasileiro de 1991;
· Médico do Departamento de Futebol do Guarani FC em 1992/93;
· Consultor médico e de gestão da Parmalat no Brasil em 1994 - ascensão do Juventude para a Serie A;
· Consultor médico e esportivo do Kashiwa-Reysol e do Verdy-Kawasaky nos anos de 1995 e 1996;
· Diretor de futebol do Coritiba FC em 1996;
· Diretor de futebol do Santos FC – 1997 – Modernização do Departamento de Futebol - Campeão do Rio-São Paulo e da Taça Conmebol;
· Diretor de futebol do Figueirense FC de 1999 a 2000 – Acesso da 3ª para a 1ª Divisão do Campeonato Brasileiro;
· Superintendente de futebol do Avaí em 2001;
· Superintendente de Futebol do São Paulo Futebol Clube desde 2002 – Títulos: Super-Campeonato Paulista 2002, Campeonato Paulista 2005, Libertadores da América 2005, Campeonato Mundial de Clubes 2006, vice-campeonato da Taça Libertadores da América 2006 e Campeonato Brasileiro 2006, 2007 e 2008;
· Vereador pela cidade de São Paulo, para a 15ª. Legislatura com mandato de janeiro de 2009 até dezembro de 2012, sendo Vice Presidente da Comissão de Educação, Cultura e Esportes da Câmara Municipal de São Paulo por dois anos consecutivos (2009 e 2010), além de membro da Comissão de Estudos para Debates e Discussões sobre a Destinação do Estádio Municipal Paulo Machado de Carvalho (Pacaembu) e da CPI de Danos Ambientais, ambas em 2009.
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